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Protein Data Bank para niños

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El Protein Data Bank (PDB), también conocido como Banco de Datos de Proteínas, es una base de datos muy importante. Imagina que es una gran biblioteca digital donde se guardan los "planos" de las proteínas y los ácidos nucleicos. Estos planos muestran cómo se ven estas moléculas en tres dimensiones, es decir, su forma y estructura.

Los científicos de todo el mundo, especialmente los biólogos y bioquímicos, envían estos datos al PDB. Para descubrir estas formas, usan técnicas especiales como la cristalografía de rayos X o la resonancia magnética nuclear. Lo mejor de todo es que esta información es pública, lo que significa que cualquiera puede usarla libremente para aprender y hacer nuevos descubrimientos. Una organización llamada Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) se encarga de supervisar y mantener esta valiosa base de datos.

¿Cómo empezó el Protein Data Bank?

La idea del PDB surgió de dos cosas importantes. Primero, los científicos estaban descubriendo cada vez más estructuras de proteínas usando una técnica llamada difracción de rayos X. Segundo, en 1968, apareció una nueva pantalla de computadora llamada Brookhaven RAster Display (BRAD) que permitía ver estas estructuras en 3D.

Los primeros pasos y el software SEARCH

En 1969, un científico llamado Edgar Meyer, con el apoyo de Walter Hamilton en el Laboratorio Nacional de Brookhaven, empezó a crear un software especial. Este programa servía para guardar los datos de las estructuras de las moléculas en un formato común. Así, otros investigadores podían acceder a ellos fácilmente. En 1971, uno de los programas de Meyer, llamado SEARCH, permitió a los científicos consultar la información del PDB a distancia. Esto fue clave para que el PDB empezara a funcionar de verdad, conectando a investigadores de diferentes lugares.

El anuncio oficial y su crecimiento internacional

El Protein Data Bank se anunció oficialmente en octubre de 1971. Fue un proyecto conjunto entre el Cambridge Crystallographic Data Center del Reino Unido y el Laboratorio Nacional Brookhaven de Estados Unidos. Después de la muerte de Hamilton en 1973, Tom Koeztle dirigió el PDB por 20 años. Más tarde, en 1994, Joel Sussman tomó el relevo.

En 1998, el PDB se trasladó al Laboratorio de Investigación en Bioinformática Estructural (RCSB). La nueva directora fue Helen M. Berman de la Universidad de Rutgers. En 2003, el PDB se hizo internacional con la creación de la wwPDB. Sus miembros fundadores fueron PDBe (Europa), RCSB PDB (Estados Unidos) y PDBj (Japón). Más tarde, en 2006, se unió el Biological Magnetic Resonance Bank (BMRB). Cada uno de estos miembros de la wwPDB puede recibir, procesar y distribuir los datos del PDB. El procesamiento de datos significa que el personal revisa y organiza cada nueva estructura que se envía. También se comprueba automáticamente que los datos sean correctos.

¿Cuántas estructuras hay en el PDB?

Archivo:Rate of Protein Structure Determination-2019b
Este gráfico muestra cómo ha crecido el número de estructuras de proteínas descubiertas cada año, según el método usado. MX significa cristalografía de rayos X y 3DEM es microscopía electrónica 3D.

Cuando el PDB se creó, solo tenía 7 estructuras de proteínas. ¡Imagina lo pequeño que era! Desde entonces, ha crecido muchísimo, casi como una bola de nieve que se hace más grande al rodar. Y parece que seguirá creciendo a un ritmo muy rápido.

La base de datos del PDB se actualiza cada semana. Al 1 de abril de 2020, el PDB contenía una cantidad impresionante de estructuras, como puedes ver en esta tabla:

Método
experimental
Proteínas Ácidos nucleicos Complejos de Proteína/Ácidos nucleicos Otros Total
Cristalografía de rayos X 135170 2097 6945 4 144216
Espectroscopia de resonancia magnética nuclear 11337 1325 264 8 12934
Microscopía electrónica 3475 35 1136 0 4646
Híbridos 155 5 3 1 164
Otros 286 4 6 13 309
Total: 150423 3466 8354 26 162269

El rápido crecimiento del PDB ha sido estudiado por muchos científicos, mostrando lo importante que es esta base de datos para la ciencia.

Galería de imágenes

Véase también

Kids robot.svg En inglés: Protein Data Bank Facts for Kids

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Protein Data Bank para Niños. Enciclopedia Kiddle.