Protein Data Bank para niños
El Protein Data Bank (PDB), también conocido como Banco de Datos de Proteínas, es una base de datos muy importante. Imagina que es una gran biblioteca digital donde se guardan los "planos" de las proteínas y los ácidos nucleicos. Estos planos muestran cómo se ven estas moléculas en tres dimensiones, es decir, su forma y estructura.
Los científicos de todo el mundo, especialmente los biólogos y bioquímicos, envían estos datos al PDB. Para descubrir estas formas, usan técnicas especiales como la cristalografía de rayos X o la resonancia magnética nuclear. Lo mejor de todo es que esta información es pública, lo que significa que cualquiera puede usarla libremente para aprender y hacer nuevos descubrimientos. Una organización llamada Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) se encarga de supervisar y mantener esta valiosa base de datos.
Contenido
¿Cómo empezó el Protein Data Bank?
La idea del PDB surgió de dos cosas importantes. Primero, los científicos estaban descubriendo cada vez más estructuras de proteínas usando una técnica llamada difracción de rayos X. Segundo, en 1968, apareció una nueva pantalla de computadora llamada Brookhaven RAster Display (BRAD) que permitía ver estas estructuras en 3D.
Los primeros pasos y el software SEARCH
En 1969, un científico llamado Edgar Meyer, con el apoyo de Walter Hamilton en el Laboratorio Nacional de Brookhaven, empezó a crear un software especial. Este programa servía para guardar los datos de las estructuras de las moléculas en un formato común. Así, otros investigadores podían acceder a ellos fácilmente. En 1971, uno de los programas de Meyer, llamado SEARCH, permitió a los científicos consultar la información del PDB a distancia. Esto fue clave para que el PDB empezara a funcionar de verdad, conectando a investigadores de diferentes lugares.
El anuncio oficial y su crecimiento internacional
El Protein Data Bank se anunció oficialmente en octubre de 1971. Fue un proyecto conjunto entre el Cambridge Crystallographic Data Center del Reino Unido y el Laboratorio Nacional Brookhaven de Estados Unidos. Después de la muerte de Hamilton en 1973, Tom Koeztle dirigió el PDB por 20 años. Más tarde, en 1994, Joel Sussman tomó el relevo.
En 1998, el PDB se trasladó al Laboratorio de Investigación en Bioinformática Estructural (RCSB). La nueva directora fue Helen M. Berman de la Universidad de Rutgers. En 2003, el PDB se hizo internacional con la creación de la wwPDB. Sus miembros fundadores fueron PDBe (Europa), RCSB PDB (Estados Unidos) y PDBj (Japón). Más tarde, en 2006, se unió el Biological Magnetic Resonance Bank (BMRB). Cada uno de estos miembros de la wwPDB puede recibir, procesar y distribuir los datos del PDB. El procesamiento de datos significa que el personal revisa y organiza cada nueva estructura que se envía. También se comprueba automáticamente que los datos sean correctos.
¿Cuántas estructuras hay en el PDB?
Cuando el PDB se creó, solo tenía 7 estructuras de proteínas. ¡Imagina lo pequeño que era! Desde entonces, ha crecido muchísimo, casi como una bola de nieve que se hace más grande al rodar. Y parece que seguirá creciendo a un ritmo muy rápido.
La base de datos del PDB se actualiza cada semana. Al 1 de abril de 2020, el PDB contenía una cantidad impresionante de estructuras, como puedes ver en esta tabla:
| Método experimental |
Proteínas | Ácidos nucleicos | Complejos de Proteína/Ácidos nucleicos | Otros | Total |
|---|---|---|---|---|---|
| Cristalografía de rayos X | 135170 | 2097 | 6945 | 4 | 144216 |
| Espectroscopia de resonancia magnética nuclear | 11337 | 1325 | 264 | 8 | 12934 |
| Microscopía electrónica | 3475 | 35 | 1136 | 0 | 4646 |
| Híbridos | 155 | 5 | 3 | 1 | 164 |
| Otros | 286 | 4 | 6 | 13 | 309 |
| Total: | 150423 | 3466 | 8354 | 26 | 162269 |
El rápido crecimiento del PDB ha sido estudiado por muchos científicos, mostrando lo importante que es esta base de datos para la ciencia.
Galería de imágenes
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Ejemplos de estructuras de proteínas de la PDB
Véase también
En inglés: Protein Data Bank Facts for Kids
