Base de datos de movimientos moleculares para niños
La Base de Datos de Movimientos Macromoleculares (conocida en inglés como Database of Macromolecular Motions o molmovdb) es una base de datos especial en el campo de la Bioinformática. Su objetivo principal es organizar y clasificar los diferentes movimientos que realizan las macromoléculas, que son moléculas muy grandes e importantes para la vida, como las proteínas. Estos movimientos a veces se llaman cambios en la forma de la macromolécula.
Contenido
¿Quién creó la Base de Datos de Movimientos Macromoleculares?
Esta base de datos fue creada por Mark Bender Gerstein, Werner Krebs y Nat Echols. Ellos trabajaban en el Departamento de Bioquímica y Biofísica Molecular de la Universidad Yale en Estados Unidos.
¿Cómo se usa esta base de datos?
Los usuarios pueden buscar en la base de datos un movimiento específico. Pueden hacerlo usando el nombre de una proteína o un número de identificación del Protein Data Bank (PDB). El PDB es otra base de datos muy importante que guarda información sobre las estructuras de las proteínas. A menudo, si encuentras una proteína en el PDB que también está en molmovdb, verás un enlace directo para ir a la información de sus movimientos.
¿Qué es el Servidor de Morfo?
La base de datos incluye una herramienta muy útil llamada el Servidor de Morfo. Esta herramienta funciona en línea y permite a los usuarios, incluso a los que recién empiezan, ver animaciones y videos cortos de cómo cambian de forma algunas proteínas.
¿Cómo funciona el Servidor de Morfo?
El Servidor de Morfo utiliza técnicas de Modelado molecular para calcular cómo se mueve una proteína entre dos formas diferentes. Imagina que tienes dos fotos de una proteína en distintas posiciones; el servidor crea las imágenes intermedias para mostrarte cómo pasa de una a otra. Así, genera una serie de estructuras que muestran el cambio. Después de que el proceso termina, se envía un enlace con los resultados al correo electrónico del usuario.
Al principio, en 1996, el Servidor de Morfo se usaba más para buscar información que para crear animaciones complejas. Tenía algunas limitaciones, como poco control sobre cómo se veían las animaciones o el color, y a veces tardaba mucho en procesar los datos. Con el tiempo, la base de datos y el Servidor de Morfo han mejorado mucho. Se han añadido nuevas funciones, como el Análisis de Modo normal, que ayuda a entender mejor los movimientos de las moléculas. Otras instituciones también han desarrollado herramientas similares, como MovieMaker de la Universidad de Alberta.
¿Se usa esta base de datos en productos comerciales?
Sí, la empresa de bioinformática DNASTAR ha incluido las animaciones de la base de datos de movimientos en su producto llamado Protean3D. No está claro si hay una conexión directa entre DNASTAR y los creadores de la base de datos.
Véase también
En inglés: Database of Molecular Motions Facts for Kids
